Maďarská vyžla môže mať genetické predispozície pre niektoré choroby ako dysplázia bedrového kĺbu, torzia žalúdka, progresívna retinálna atrofia (PRA), či glaukóm. Menej časté ochorenia, ktoré sa môžu vyskytnúť pri maďarskej vyžle, sú atopický ekzém, potravinová alergia, rakovina, epilepsia, hemofília A, entropium.
Aby majiteľ zaručil, že jeho pes bude zdravý a riziko výskytu týchto ochorení bude minimálne, mal by si vziať šteniatko len z overenej chovateľskej stanice. Chovateľské stanice zabezpečia rozmnožovanie len zdravých a vhodných jedincov na krytie. Šteniatka z chovateľských staníc odídu do nového domova spolu s papiermi o pôvode. Chovatelia ochotne poskytnú budúcim majiteľom rady ako sa starať o šteniatko.
Dysplázia bedrového kĺbu a torzia žalúdka sú choroby, ktoré postihujú najmä veľké a obrie plemená. Pri torzii žalúdka dochádza k pretočeniu žalúdka okolo svojej osi. V dôsledku toho pes trpí bolesťami, je apatický, zrýchlene dýcha, prehĺta, napína ho na zvracanie, má zväčšené a tvrdé brucho. Priebeh býva veľmi rýchly a je potrebné okamžite vyhľadať veterinára. K torzii najčastejšie dochádza po nakŕmení a následnom behaní, šantení alebo váľaní zo strany na stranu. Príčinou môže byť aj preplnený žalúdok. Psík by mal po jedle aspoň 1 – 2 hodiny oddychovať, misky s krmivom by mal mať približne na úrovni hrudníka a nemal by sa kŕmiť pred tréningom alebo pohybovou aktivitou. Torzia žalúdka môže mať podobné príznaky s ruptúrou (pretrhnutím) steny maternice vo vysokom štádiu gravidity.
Atopický ekzém podobne ako u ľudí je ochorenie kože neznámeho alebo rôzneho pôvodu. Na jej vzniku sa môže podieľať aj potravinová alergia. Preto je dôležité zo psieho jedálnička vylúčiť všetky potenciálne alergény. Najčastejšie to býva kuracie a hovädzie mäso, obilninové prílohy alebo vajíčka. Psíkovi sa zo začiatku podávajú iba dva druhy mäsa a po ich tolerovaní sa pridajú ďalšie. Najmenej rizikové sú králičie, jahňacie, teľacie, rybacie a divina. Prílohy sú tvorené ovocím a zeleninou.
Entropium predstavuje vchlípenie očného viečka smerom dovnútra oka. Koža a chlpy viečka dráždia rohovku oka a pri neliečení môže nastať zjazvenie rohovky a slepota. Toto ochorenie je skôr typické pre plemená s kožnými riasami ako je mops, šarpej, buldoček, nemecká doga. Nadmerná koža okolo oka sa pri plastickej operácii odstráni a psík väčšinou po zvyšok života nemá problém.